縣域內一、二級醫療單位，采用網上管理，實行窗口結算。住院農民出院時，憑合作醫療證、身份證(老齡、兒童無身份證的憑戶口本)和診斷證明、住院收據、用藥清單，在所住醫院實行窗口結報。參合農民住院時，先由個人交付住院押金，出院結算時醫療單位按比例收取由個人承擔部分的住院費用，應報銷部分費用由醫療單位墊付，實行即結即報，並將結報情況通過網絡傳輸到縣新農合服務中心審核。縣新農合服務中心每月按規定時間撥付醫療單位的報銷資金。